Medicina · 2026

Colonización nasal por Staphylococcus Coagulasa Negativos y Composición del Microbioma de pacientes de la Unidad de Cuidados Intensivos de Hospitales de Colombia

Resumen

Introducción: En los entornos de cuidado intensivo las infecciones por Staphylococcus coagulasa negativo (SCoN) plantean desafíos de importancia clínica por varios factores. Los pacientes de la Unidad de Cuidados Intensivos (UCI) son pacientes vulnerables que presentan varios factores de riesgo que los hacen más susceptibles a las infecciones, esto se puede relacionar a su enfermedad de base, a los procedimientos invasivos que el paciente requiera y a la colocación de elementos invasivos que rompen la barrera de la piel y facilitan el ingreso de patógenos al organismo. En el entorno de UCI las infecciones por SCoN conlleva retos y desafíos de alta importancia clínica que se relaciona a varios factores como su relación con infecciones en humanos, y aunque son solo unas pocas especies asociadas con estas infecciones, se encuentran colonizando distintos nichos en piel y mucosas, con frecuencia portan distintos factores de virulencia, así como la posibilidad de prosperar en las superficies de los cuerpos extraños insertados, que además, son muy necesarios y comunes en la gran mayoría de pacientes hospitalizados y/o en UCI. Objetivos: Determinar la frecuencia de la colonización nasal por SCoN y caracterización del microbioma nasal de pacientes de la unidad de cuidados intensivos (UCI) en hospitales de Colombia. Población de estudio: El presente trabajo es un estudio descriptivo en el que se incluyeron aislamientos bacterianos recuperados de pacientes de UCI, así como sus muestras nasales para estudio de microbioma, parte de un estudio financiado por Minciencias Código 130880764152 CT 776-2018. Materiales y métodos: Este estudio incluyó 44 aislamientos de Staphylococcus spp. recuperados del tamizaje nasal de 37 pacientes de UCI de tres hospitales de dos ciudades de Colombia, Pereira (1 hospital) y Bogotá (2 hospitales) empleando medios cromogénicos. Se realizó primero la identificación molecular de SCoN por medio de PCR multiplex y luego secuenciación del microbioma nasal (región V4 de la subunidad 16S del ARNr) por medio de la plataforma Illumina y posterior análisis por herramientas bioinformáticas. Se calcularon las frecuencias de colonización de especies de SCoN en los pacientes, por hospital y ciudad. Luego se analizó la abundancia relativa taxonómica para describir la composición general del microbioma nasal en dos grupos de pacientes colonizados por SCoN que presentaba el gen mecA que codifica para el determinante de resistencia a meticilina (mecA+) comparado a pacientes colonizados por SCoN que no tenían el mecA. Además, se calculó la α-diversidad microbiana (mediante índices de Shannon y Simpson, y riqueza) en estos 2 grupos de pacientes. Resultados: Identificamos 28 pacientes que presentaron colonización nasal por SCoN, y de estos 19 (68%) pacientes estaban colonizados por SCoN mecA (+). Además, encontramos S. epidermidis en 10 pacientes y de estos 2 pacientes estaban colonizados con S epidermidis mecA (+). Así, 22 pacientes de los 37 pacientes (59%) presentaron colonización con Staphylococcus spp. mecA (+). En la caracterización de microbioma se observó que Staphylococcus y Corynebacterium fueron los géneros más abundantes. Además, se identificaron diferencias en la composición microbiana entre los dos grupos: en el grupo de pacientes colonizados por SCoN mecA (+) los géneros Prevotella (7%) y Acinetobacter (5%) fueron más abundantes que en el grupo SCoN mecA (-) que tuvieron abundancias de 2% y 0% para cada genero respectivamente. Mientras que en el grupo de pacientes colonizados por SCoN mecA (-) se observó una mayor proporción de Enterobacteriaceae no clasificado (10%), Streptococcus (5%) y Dolosigranulum (3%) comparado al grupo SCoN mecA (+) que presentaron abundancias de estos 3 géneros de 0%, 1% y 0%, respectivamente. También, en el análisis de diversidad no se encontraron diferencias estadísticamente significativas entre los dos grupos de pacientes. Sin embargo, se observó una ligera tendencia a una mayor riqueza de taxones, así como valores más altos en índices de Shannon y Simpson en los microbiomas de los pacientes colonizados por SCoN mecA (-). Conclusiones: Se encontró una alta frecuencia (78%) de colonización nasal por SCoN en pacientes de la UCI de 3 hospitales de 2 ciudades de Colombia y los SCoN presentaron en alta frecuencia (54%) el gen mecA de resistencia a meticilina. En las muestras de hisopados nasales de pacientes de UCI incluidos en el estudio únicamente identificamos SCoN, pero no S. aureus. Predomino la colonización por S. epidermidis (32%) en pacientes del hospital de Pereira y en los hospitales Bogotá domino SCoN con mecA en 62%. En el análisis del microbiota nasal de pacientes de UCI colonizados por SCoN se observó predominancia de Staphylococcus y Corynebacterium. Pseudomonas estuvo presente en microbioma nasal de los dos grupos de pacientes con abundancia similar. En el grupo colonizado por SCoN mecA -, Enterobacterales y Dolosigranulum fueron géneros exclusivos en el microbioma nasal, mientras que Acinetobacter Campylobacter y Fenollaria fueron los géneros que se encontraron únicamente en pacientes colonizados por SCoN mecA+

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