Odontología · 2026
Detección In silico de genes de resistencia antimicrobiana y viruloma en genomas de Fusobacterium nucleatum
Antecedentes: F. nucleatum es un bacilo Gram negativo presente en cavidad oral, en el tracto gastrointestinal y en el tracto urogenital, que, en condiciones de disbiosis, puede generar tanto enfermedades intraorales, como la periodontitis, enfermedades extraorales, como el cáncer. Se ha asociado con la oncogénesis a nivel gastrointestinal. El uso de antibióticos en la práctica clínica favorece la resistencia a los antibióticos y cambios en la patogénesis del microorganismo, por lo que la secuenciación de genomas completos de F. nucleatum es una herramienta muy útil para dilucidar mecanismos de resistencia y de virulencia. Debido a las dificultades para realizar análisis bioinformáticos derivadas de las limitaciones de la información disponible en las bases de datos, este trabajo se centra en la búsqueda y comparación de bases de datos para el análisis bioinformático, a partir de información de genomas completos disponibles en GenBank, con el fin de facilitar futuros análisis con genomas propios de la población colombiana. Objetivo: Identificar genes asociados al resistoma y al viruloma en cepas de F. nucleatum mediante análisis in silico, comparando aislamientos clínicos con cepas de referencia disponibles en bases de datos genómicas. Materiales y Métodos: Se analizaron 40 genomas completos y ensamblados de F. nucleatum disponibles en NCBI, incluidos los de las cepas de referencia ATCC 25586 y ATCC 12230, así como diversos aislamientos clínicos reportados en la literatura. Los genomas fueron descargados en formato FASTA y verificados para eliminar redundancias. Se evaluaron genes asociados a la resistencia antimicrobiana blaTEM, ampC, cfxA, cfxA2, cfxA6, cepA, cfiA, erm(B), tet(M), nimE/nimA, nimAEFI, lsa(C) y lnu (C) y genes de virulencia (fap2, fadA, radD, fomA, ompA y traT). Las secuencias de referencia se obtuvieron de NCBI y la detección génica se realizó mediante BLASTn. Los resultados se organizaron en una matriz binaria de presencia/ausencia y se realizó un análisis descriptivo mediante frecuencias absolutas y relativas. Resultados: El análisis in silico evidenció una baja frecuencia de genes de resistencia, detectándose lsa(C) y lnuC (2.5%), tetM (2.5%) y ermB (2.5%), asociados a la resistencia a lincosamidas, tetraciclinas y macrólidos, respectivamente. No se detectaron genes blaTEM, ampC, cfxA, cfxA2, cfxA6, cepA, cfiA, nimE/nimA ni nimAEFI. En contraste, el análisis del viruloma mostró una alta conservación de varios genes, incluidos FadA, HmuV, Fur, BacA, murJ, gctB y C7Y58 (100%), así como NorM (77.5%), HmuT (75,0 %), fomA (52,5%), Fap2 (30.0%), HmuU (27,5 %), Nramp (25,0%), PerM (22.5 %), RadD (17,5%), vacB (17.5 %), rnr (15,0 %), atoD (12,5%), ompA (2,5 %), ompA (2,5%), relacionados con la adhesión celular, la captación de hierro y la adaptación metabólica. Genes como Nramp, vacB y fadB no fueron detectados. Conclusiones: F. nucleatum presenta una baja frecuencia de genes de resistencia antimicrobiana, pero mantienen un conjunto altamente conservado de factores de virulencia, lo que podría contribuir a su capacidad de colonización, adaptación y patogenicidad en los ambientes oral y sistémico, en particular la proteína Fap2, que media su adhesión a células cancerosas humanas y su colonización del intestino promueve el crecimiento tumoral y la metástasis en el cáncer colorrectal al unirse a receptores en células cancerosas y desactivar células inmunitarias.