Maestría en Microbiología · 2021
Caracterización de la enzima cisteína sintasa en Acinetobacter baumannii como posible blanco terapéutico mediante un análisis in silico
Acinetobacter baumannii se ha convertido en uno de los microorganismos fuertemente implicados en las infecciones asociadas a la atención en salud (IAAS) y representa una amenaza para la salud pública debido a las altas tasas de resistencia y mortalidad que genera. La búsqueda de nuevos blancos terapéuticos para desarrollar terapias alternativas es indispensable para garantizar el control de las enfermedades asociadas a este patógeno. En este sentido, en el presente trabajo se hizo una caracterización in silico de la enzima cisteína sintasa (CS) de A. baumannii, así como una identificación de compuestos con afinidad por la enzima mediante el uso de herramientas y bases de datos bioinformáticas de acceso libre. El estudio in silico demostró que A. baumannii posee dos genes que codifican para las proteínas CysM y CysK; las dos isoformas presentan todos los residuos y dominios importantes para la actividad catalítica y que han sido descritos en la familia de enzimas piridoxal 5′-fosfato (PLP) dependientes involucradas en la síntesis de cisteina por la via de novo a la cual pertenece CS. Mediante la herramienta I-TASSER se obtuvieron los modelos tridimensionales de las dos isoformas los cuales presentaron una topología correcta y alta calidad con puntajes típicamente encontrados en proteínas nativas. El acoplamiento molecular, las predicciones ADMET y los análisis de interacción permitieron identificar compuestos con alta afinidad por la isoforma CysK, dentro de lo que se destacan ZINC13643289, ZINC14996361, ZINC000002957581 y ZINC20353527 como candidatos para estudios in vitro y futuro desarrollo de una terapia selectiva para el tratamiento de infecciones asociadas a A. baumannii.
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Contenido
- RESUMENp. 10
- ABSTRACTp. 11
- 1.INTRODUCCIÓNp. 11
- 2. MARCO CONCEPTUAL Y GENERALIDADESp. 14
- 2.1 Acinetobacter baumannii, características generalesp. 14
- 2.2 Enfermedades ocasionadas por A. baumanniip. 15
- 2.3 Tratamiento para las enfermedades ocasionadas por A. baumanniip. 17
- 2.4 Resistencia a antibióticos en A. baumanniip. 18
- 2.5 Nuevos compuestos para el tratamiento de A. baumanniip. 21
- 2.6 Complejo cisteína sintasa (CS) (CysK- CysM)p. 23
- 2.6.2 Cisteína Sintasa un blanco de inhibición en patógenos humanosp. 26
- 2.7 Docking Molecular, análisis in silico de nuevos compuestosp. 27
- 3.PREGUNTA DE INVESTIGACIÓN - HIPÓTESISp. 28
- 4.OBJETIVOSp. 29
- 5. MATERIALES Y MÉTODOSp. 29
- 5.1 Caracterización in silico de la cs en A. baumanniip. 30
- 5.1.4 Predicción de estructuras secundaria y terciaria de las CS en A. baumanniip. 31
- 5.2 Docking molecular para cisteína sintasa (CysK) de A. baumanniip. 32
- 5.2.2 Docking entre CysK, sustratos naturales y algunos compuestos controlp. 33
- 5.2.3 Docking masivo entre CysK y compuestos con potencial unión a la enzimap. 33
- 5.3 Predicción in silico de las propiedades farmacocinéticas ADMETp. 34
- 5.4 Interacciones moleculares entre CysK y posibles ligandos (Proteína-Ligando)p. 34
- 6.RESULTADOSp. 35
- 6.2 Características generales de la enzima CS en Acinetobacter baumanniip. 40
- 6.4 Predicción de estructuras secundaria y terciaria de las CS en A. baumanniip. 45
- 7.DISCUSIÓNp. 58
- 8.CONCLUSIONESp. 60
- 9.PERSPECTIVASp. 61
- REFERENCIAS BIBLIOGRAFICASp. 62
- ANEXOSp. 74
- Tabla 1 Características generales para las enzimas CysM y CysKp. 40
- Tabla 2. Propiedades farmacocinéticas ADMETp. 55
- Tabla 3. Interacciones moleculares CysK y los 5 Ligandosp. 57