Bacteriología y Laboratorio Clínico · 2026
Caracterización del perfil de expresión génica mediante secuenciación de próxima generación y análisis bioinformático en células mononucleares de sangre periférica de pacientes colombianos con artritis reumatoide y su relación serológica.
El presente estudio tiene como objetivo caracterizar el perfil de expresión génica en células mononucleares de sangre periférica (PBMC) de pacientes colombianos con artritis reumatoide (AR), agrupados según su endofenotipo serológico. Se empleó la secuenciación masiva de ARN (Bulk RNA-Seq) para identificar patrones diferenciales de expresión génica asociados con la actividad clínica y las características serológicas de la enfermedad. La cohorte de pacientes estuvo conformada por 39 pacientes, con al menos cuatro individuos por cada uno de los ocho endofenotipos definidos según la combinación de los marcadores FR, ACPA y ANAs. Se realizo un análisis de expresión diferencial que incluyo control de calidad de lecturas, alineamiento contra el genoma humano de referencia (GRCh 38.p14), cuantificación con featureCounts y análisis diferencial mediante DESeq2 en R. Se identificaron genes diferencialmente expresados que están asociados con endofenotipos serológicos específicos, contribuyendo a la comprensión de la desregulación inmunológica característica de la AR.
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Contenido
- Planteamiento del problemap. 9
- Justificaciónp. 9
- 3. Objetivosp. 10
- Objetivo generalp. 10
- Objetivos específicosp. 10
- Marco teóricop. 11
- Panorama general de la artritis reumatoidep. 11
- Bases celulares y moleculares de artritis reumatoidep. 12
- Mecanismos moleculares de pérdida de toleranciap. 18
- Transcriptómica en artritis reumatoidep. 21
- Estado del artep. 23
- Metodologíap. 24
- Tipo de muestrasp. 24
- Clasificación de las muestrasp. 24
- Extracción de ARNp. 25
- Cuantificación y análisis de la integridad del ARNp. 25
- Preparación de las libreríasp. 26
- Secuenciaciónp. 26
- Análisis bioinformáticop. 26
- Análisis estadísticop. 27
- Resultadosp. 28
- Caracterización clínica y serológica de la cohorte de pacientesp. 28
- Actividad clínica de la enfermedad según endofenotipop. 29
- Patrones de expresión génica intragrupo según endofenotipo clínicop. 37
- del conjunto de datosp. 39
- Análisis de enriquecimiento funcional de los genes diferencialmente expresadosp. 48
- Discusiónp. 69
- Conclusionesp. 72
- Limitaciones del estudiop. 73
- Bibliografiap. 73
- Figura 2. Papel hipotético de la citrulinación en la ARp. 15
- Figura 3. Interacción intercelular en la patología de la ARp. 17
- Figura 4. La reacción química de la citrulinaciónp. 18
- Figura 5. Relación entre los NET y la autoinmunidadp. 20
- Figura 6. Relación entre los títulos de ANAs y la ARp. 21
- clínica de la enfermedad medida por CDAIp. 29
- Figura 8. Distribución del factor reumatoide (FR) según endofenotipo clínicop. 30
- Figura 9. Distribución de los niveles de ACPA según endofenotipo clínico.)p. 37
- Figura 10. Distribución de los niveles de ANAs según endofenotipo clínicop. 32
- Figura 11. Distribución del CDAI según endofenotipo clínicop. 33
- estudiop. 35
- variabilidadp. 36
- mediante VSTp. 37
- clínicosp. 42
- tras la depuración del conjunto de datosp. 44
- endofenotipos 2 a 8p. 45
- endofenotipos 2 a 7p. 47
- comparación entre el endofenotipo 1 y los endofenotipos 2 a 7p. 54
- endofenotipos clínicosp. 49
- endofenotipos clínicosp. 51
- ENDO_1 vs ENDO_7p. 52
- comparaciones ENDO_2–ENDO_7 frente a ENDO_1p. 53
- coloreada según su asignación a clústerp. 55
- transformación VST de los datos de RNA-Seqp. 56
- transcriptómicos reclasificados (CLUS_1–CLUS_4)p. 57
- pares entre los clusters transcriptómicos (CLUS_1–CLUS_4)p. 59
- (CLUS_1–CLUS_4)p. 61
- comparaciones por pares entre los clústeres transcriptómicos (CLUS_1–CLUS_4)p. 61
- las comparaciones entre clústers (CLUS_1–CLUS_4)p. 63
- (CLUS_1–CLUS_4)p. 64
- comparaciones entre clusters transcriptómicos (CLUS_1–CLUS_4)p. 65
- antinucleares (ANAs) entre los clústeres transcriptómicosp. 67
- clústeres transcriptómicos (CLUS_1–CLUS_4)p. 69
- Tabla 1. Clasificación por endofenotiposp. 25
- Tabla 2. Características clínicas basales de los pacientes en el estudiop. 28
- serológicop. 39
- endofenotipo serológicop. 39