Ciencias de la Salud - Doctorado en Ciencias Biomédicas · 2020
Selección in silico y evaluación en vitro de compuestos con potencial inhibitorio de la adhesión dependiente del antígeno I/II de Streptococcus mutans
El antígeno I/II (Ag I/II) es una adhesina de Streptococcus mutans involucrada en el proceso de adhesión al diente y co-agregación bacteriana para la formación de biopelículas y producción de la caries dental.
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Contenido
- CAPITULO Ip. 14
- INTRODUCCIÓNp. 14
- 1.1 Caries dentalp. 16
- 1.2 Factores de riesgo para el desarrollo de la cariesp. 18
- 1.3 Streptococcus mutansp. 19
- 1.4 Antígeno I/II de Streptococcus mutansp. 22
- 1.5 Búsqueda virtual de inhibidoresp. 24
- 1.6 Acoplamiento “Docking molecular” molecularp. 26
- 1.7 Simulación de dinámica molecular (MD)p. 28
- Capitulo IIp. 30
- Objetivosp. 30
- 2.1 Objetivo generalp. 30
- 2.2 Objetivos específicosp. 30
- CAPITULO IIIp. 31
- MATERIALES Y MÉTODOSp. 31
- 3.1 Búsqueda virtual y selección de compuestosp. 31
- 3.1.1 Selección de proteínas y análisis de similitud de secuencia:p. 31
- 3.1.2 Selección de sitios de unión de ligandop. 34
- 3.1.3 Acoplamiento “Docking” molecularp. 35
- 3.1.4 Selección de compuestosp. 36
- 3.1.5 Predicción in silico de propiedades ADME de los compuestos seleccionadosp. 37
- 3.1.6 Predicción computacional de toxicidad de los compuestosp. 38
- 3.1.7 Análisis de tipo de interacción compuesto - proteínap. 39
- 3.2 Evaluación in vitro de los compuestos seleccionadosp. 40
- 3.2.1 Soluciones de trabajo de los compuestosp. 40
- 3.2.2 Ensayo de citotoxicidad en células FLPp. 40
- albicans NCPF 3179p. 41
- 3.2.4 Ensayo de adhesión en Streptococcus mutans - Lt11 (UB579 WT)p. 42
- 3.3 Análisis de datosp. 43
- 3.4 Análisis de microscopía electrónica de barrido (SEM)p. 43
- 3.5 Simulaciones de dinámica molecularp. 44
- CAPITULO IVp. 46
- RESULTADOSp. 46
- 4.1 Selección de proteínas y análisis de similitud de secuenciap. 46
- 4.2 Selección de sitios de unión de ligandop. 34
- 4.3 Acoplamiento molecular y selección de compuestosp. 53
- 4.4 Predicción in silico de propiedades ADME de los compuestos seleccionadosp. 37
- 4.5 Predicción computacional de toxicidad de los compuestosp. 38
- 4.6 Análisis de tipo de interacción compuesto – proteínap. 60
- 4.7 Ensayo de citotoxicidad y actividad antimicrobianap. 62
- 4.8 Ensayo de adhesión en Streptococcus mutans - Lt11 (UB579 WT)p. 42
- 4.9 Simulación de dinámica molecularp. 69
- CAPITULO Vp. 71
- DISCUSIÓNp. 71
- CAPITULO VIp. 82
- CONCLUSIONESp. 82
- CAPITULO VIIp. 84
- RECOMENDACIONESp. 84
- CAPITULO VIIIp. 85
- ANEXOSp. 85
- CAPITULO IXp. 103
- BIBLIOGRAFÍAp. 103
- FIGURA 1. ANATOMÍA NORMAL DEL DIENTE Y BIOPELÍCULA DENTAL EN DESARROLLOp. 18
- LA PARED CELULARp. 21
- FUNCIONALES ESPECÍFICASp. 22
- FIGURA 4. MODELO DE LA ESTRUCTURA AG I/II Y UNIÓN PREVISTA CON SAGp. 23
- FIGURA 5. ESTRUCTURAS DE LOS CRISTALES DE LAS PROTEÍNAS ASOCIADAS AL AG I/II DE S. MUTANSp. 47
- FIGURA 6. DATOS DE COORDENADAS Y ESQUEMA DE UBICACIÓN DE SITIOS DE UNIÓNp. 53
- FIGURA 7. DATOS DE LD50 (MG / KG) CALCULADOS PARA COMPUESTOS SELECCIONADOSp. 57
- FIGURA 8. DATOS DE PROBABILIDAD PREDICTIVA DE TOXICIDAD DE LOS COMPUESTOS SELECCIONADOSp. 59
- FIGURA 9. ESTRUCTURAS DE LOS COMPUESTOS SELECCIONADOS POR ANÁLISIS IN SILICOp. 59
- FIGURA 10. ENSAYO DE CITOTOXICIDAD SOBRE CÉLULAS DE FLPp. 63
- FIGURA 11. ENSAYO DE ACTIVIDAD ANTIMICROBIANA SOBRE S. MUTANS – LT11p. 64
- FIGURA 12. ENSAYO DE ACTIVIDAD ANTIMICROBIANA SOBRE C. ALBICANS - NCPF 3179p. 65
- FIGURA 13. ENSAYO DE INHIBICIÓN DE ADHESIÓN DE S. MUTANS – LT11p. 67
- FIGURA 14. REGISTRO FOTOGRÁFICO DE AGLUTINACIÓN DE S.MUTANS - LT11 TRATADA CON LOS COMPUESTOSp. 68
- FIGURA 15. MICROSCOPIA ELECTRÓNICA DE BARRIDO DE LA ADHESIÓN DE S. MUTANS – LT11p. 69
- FIGURA 16. GRAFICAS DE LA SIMULACIÓN DE DINÁMICA MOLECULAR DEL COMPLEJO 3IPK/ZI-187p. 70
- FIGURA 17. CRISTALES DE LAS REGIONES DE LA PROTEÍNA AG I/II DE S. MUTANSp. 72
- FIGURA 18. ESTRATEGIA COMPUTACIONAL PROPUESTA PARA LA BÚSQUEDA Y SELECCIÓN DE COMPUESTOS:p. 82
- TABLA 1: DATOS DE BÚSQUEDA DE ESTRUCTURA DEL AG I/II DE S. MUTANSp. 47
- TABLA 2. DATOS HOMOLOGÍA CON SECUENCIAS HUMANASp. 48
- TABLA 3. DATOS BÚSQUEDA DE HOMOLOGÍA CON SECUENCIAS PROCARIOTASp. 49
- TABLA 4. DATOS BÚSQUEDA DE HOMOLOGÍA CON SECUENCIAS BACTERIAS DE CAVIDAD ORALp. 51
- TABLA 5. DATOS BÚSQUEDA DE HOMOLOGÍA ESTRUCTURALp. 52
- TABLA 6. DATOS DE RE-ACOPLAMIENTO LOCAL DE LOS COMPUESTOS SELECCIONADOSp. 54
- TABLA 7. DATOS DE PARÁMETROS FISICOQUÍMICOS Y FARMACOCINÉTICOS PREDICTIVOSp. 55
- TABLA 8. DATOS DE INTERACCIONES DE TIPO PUENTES DE HIDRÓGENOSp. 61
- TABLA 9. DATOS DE CÁLCULO DE SOLUBILIDAD DE LOS COMPUESTOS SELECCIONADOSp. 62
- TABLA 10. DATOS IC50 DE LOS COMPUESTOS EN INHIBICIÓN DE LA ADHESIÓN DE S. MUTANS – LT11p. 68
- ANEXOS 1: SECUENCIA DE COMANDOS O ¨SCRIPT¨ EJECUTADA EN EL PAQUETE R-STUDIOp. 85
- ANEXOS 2: RESULTADOS DE LOS ALINEAMIENTOS SE SECUENCIA PARA LAS PROTEÍNAS 3IPK Y 3QE5p. 86
- 906 Y LA CLORHEXIDINA OBTENIDOS CON EL PROGRAMA EN LINEA PROTOX-IIp. 94
- -10 µM, SOBRE EL CRECIMIENTO DE S. MUTANS – LT11, TRATADAS POR 24 HORASp. 98
- -10 µM, SOBRE EL CRECIMIENTO DE C. ALBICANS - NCPF 3179, TRATADAS POR 24 HORASp. 99
- ANEXOS 6. CERTIFICADO DE PONENCIA ORAL EN EVENTO INTERNACIONALp. 100
- ANEXOS 7. CERTIFICADOS DE PARTICIPACIÓN EN EVENTOS NACIONALESp. 101
- ANEXOS 8. CERTIFICADO DE ACEPTACIÓN DE ARTICULO PARA PUBLICACIÓNp. 102